Pas zgjedhjeve parlamentare , më 24 maj 1992 Rugova zgjedhet kryetar i Republikës së posashpallur të Kosovës. Nën udhëheqjen e tij shqiptarët e Kosovës ndërtuan strukturat e veta paralele të administratës, shëndetësisë dhe të arsimit, ndërsa Rugova vetë

angazhohej për zgjidhje të çështjes së Kosovës me mjete paqësore dhe për njohjen ndërkombëtare të çështjes të Kosovës.

Pas shpërthimit të luftës në Kosovë, Rugova  fillimisht qëndron në Kosovë ndërsa në fillim të majit 1999 ai largohet për në Itali prej nga kthehet në korrik, pas përfundimit të luftës.
Në zgjedhjet parlamentare të organizuara nga administrata e përkohshme e Kombeve të Bashkuara, partia e Rugovës fiton shumicën, ndërsa ai vetë zgjedhet kryetar i Kosovës më 4. mars 2002. Në këtë funksion ai vazhdon ta potencojë miqësinë dhe politikën e bashkëpunimit me SHBA dhe vendet evropiane nga të cilat vazhdimisht kërkon pranimin formal të pavarësisë së Kosovës. Në vitin 2005 rizgjedhet kryetar.
Më 5 shtator 2005 Ibrahim Rugova njofton opinionin që është i sëmurë nga kanceri i mushkërive. Përderisa ai e dorëzoi postin e kryetarit të LDK-së, funksionin e Presidentit të Kosovës ai e kryen deri në ditën e vdekjes më 21 janar 2006. Ibrahim Rugova kujtohet si simbol i luftës paqësore të shqiptarëve për lirinë dhe pavarësinë e Kosovës.

 

Dr. Ibrahim Rugova është nderuar me cmime për paqë të ndryshme, cmime universitare si dhe Cmimi Saharov dhe ai Senator Nderi i Evropës.

 

Të nderuar pjesmarrës dhe miqë të dashur gjatë gjithë këtyre viteve të punës për Kosovë, rrugë që e trasoi Presidenti Rugova, falënderoj bashkëpuntorët e mi dhe juve të nderuar bashkatdhetar për ndihmen që ma keni dhënë, falënderoj familjet tona që gjithmonë na kanë përkrahur që të punoj në rrugën e Presidentit Rugova, që ishte e vetmja rrugë e mundëshme për ta ndihmu Kosovën.   Dhe jemi aty ku jemi.

 

Falë zotit dhe ndihmes së bashkëpuntorëve të mi  pata mundësin të zgjedhem në struktura të larta të LDK-së si anëtar i Këshillit të Përgjithëshëm dhe njëherit kryetar i Degës.

JU dhe unë patëm fatin të punojm për Kosovën në kohën që do të mbetet si EPOKË E RUGOVËS, si epoka më e ndritur për shqiptarët e Kosovës dhe më gjërë.

Në këtë cilësi pata fatin ta takoj disa herë Presidentin Rugova dhe ndaj mendimin me shumicën; Ishte njëri i rrallë, njëri i madhë i dashur për popullin e vetë dhe i rrespektuar për bashkësinë ndërkombëtare.

Duhet të jemi krenar që e kishim dhe e rrespektuam

Zoti e bekoft punën e Presidentit Rugova, Zoti e bekoft Kosovën dhe popullin e saj!